Die command line stellt - im Gegensatz zu den notebooks - eine auf allen Plattformen einheitliche Benutzerschnittstelle dar.
Nach dem Mathematica-Prompt In[n]:=... können beliebige Anweisungen eingegeben werden. Sobald die Zeile mit RETURN abgeschlossen wird, übergibt das Front End den Befehl an den Kernel, der gegebenenfalls geladen und gestartet wird. Dieser versucht die Anweisung auszuführen und liefert ein Ergebnis zurück. Dieses wird in einer Zeile, die mit Out[n]= ... beginnt, ausgegeben.
Ein spezielle Aufbereitungsform für Mathematica-Sessions stellen notebooks dar. Sie sind hierarchisch in Zellen organisiert, die ein einfaches Editieren von Input- und Kommentieren von Output-Zeilen ermöglichen. Zusätzlich kann einfacher Text eingefügt und formatiert werden. Auch Grafiken werden direkt in notebooks eingebunden. Die Reihenfolge der Mathematica-Befehle muß dabei nicht mehr mit jener, in der sie geschrieben wurden, übereinstimmen.